아이리스Ⅱ는 NSS 최고의 정예요원이었던 김현준(이병헌 분)의 죽음으로부터 3년이 지난 후, 새로운 인물인 정유건(장혁 분)과 지수연(이다해 분), 유중원(이범수 분), 최민(오연수 분), 서현우(윤두준 분), 김연화(임수향 분), 윤시혁(이준 분) 등의 새로운 인물들과 백산(김영철 분), 박철영(김승우 분) 등 기존 인물들이 점점 더 거세져만 가는 아이리스와 NSS간의 대결 속에서 시즌1에서도 밝혀지지 않았던 그들의 실체를 밝혀내기 위한 사투를 벌이게 되는 첩보액션 드라마.